La fondazione di questa abbazia si fa risalire al tempo di Ageltrude, regina longobarda vissuta nel IX secolo: nell'XI secolo visse il periodo di massimo splendore, annoverando possedimenti nei territori di Pollenza, Treia, Recanati e Tolentino. Il suo declino iniziò con il graduale affermarsi della vicina abbazia di Fiastra e culminò nel 1438, quando si unì all'abbazia di San Lorenzo in Doliolo. Nel secolo XV l'abbazia venne in parte distrutta dai soldati di Francesco Sforza e subì nel corso dei secoli numerose modifiche: dell'antica costruzione romanica restano oggi solo la magnifica cripta, suddivisa in cinque navatelle con copertura a crociera, e l'interessante parte absidale. L'abbazia fu edificata sui resti di un'antico tempio pagano dedicato alla dea Bona, protettrice della fertilità e della natura, come sembrerebbe confermare un documento risalente all'anno 898, in cui viene denominata "de Arabona". Tale ipotesi è ancor più confermata dal copioso materiale archeologico romano e preromano rinvenuto nell'area circostante, largamente impiegato per la sua costruzione, e dalla recente scoperta di un ipogeo a base quadrangolare coperto da crociera sotto la scalinata che conduceva alla cripta, identificabile con ogni probabilità con l'antico santuario dedicato alla dea Bona. Attualmente sono in corso lavori di restauro in via di ultimazione.