L'abbazia benedettina fu voluta da una pia signora della famiglia Grimaldi di Montelupone e la sua fondazione risalirebbe al 986, anno in cui Fermano, monaco di Acquacanina considerato già Santo da S.Pier Damiani, accettò la carica di Abate. Nel 1248 il monastero subì un saccheggio ed i lavori di ricostruzione che seguirono cambiarono in parte la struttura della chiesa. Durante tali lavori fu rinvenuto il corpo di San Fermano (1256) e per dargli degna sepoltura, venne sopraelevato il presbiterio e creato lo spazio per la costruzione della cripta, che è in stile gotico, a cinque navate di diversa ampiezza, con le colonnine dello spazio centrale sicuramente di epoca romana e forse utilizzate anche nella prima costruzione. Sull'altare della cripta si trova una statua in terracotta policroma raffigurante il Santo, attribuita ai fratelli Della Robbia (XV secolo). La struttura della chiesa è semplice ed austera: l'interno è a tre navate, di cui la centrale più alta, tutte terminananti con un'abside semicircolare. Il presbiterio, molto elevato, è raggiungibile tramite un'imponente scalinata. Il portale presenta una lunetta con un altorilievo ricavato dal dorso di una statua romana, il cui panneggio è rivolto verso l'interno della chiesa.