La sua storia è legata al monastero di S. Ippolito e S. Giovanni in Silva (760), dipendenza dell'abbazia di Farfa. Nel secolo X l'abate Pietro della suddetta abbazia vi trovò rifugio e per maggior sicurezza costruì un castello sul monte Matenano, dove il 20 giugno 934 l'abate Ratfredo fece trasferire il corpo di S.Vittoria dalla Sabina, dedicando a lei una basilica-santuario con monastero per 10-12 monaci e costituendolo sede vicaria dell'abbazia di Farfa. Dal secolo XI, con la riforma di Ugo I, fu annoverata tra i priorati, o monasteri manuali di Farfa, punto di riferimento per iniziative sociali, religiose ed artistiche. Nel 1771 il bel complesso, danneggiato da frequenti piogge e terremoti, fu in gran parte demolito. Oggi a testimonianza dell'antica costruzione rimane in vetta al colle Matenano il Cappellone degli Innocenti (costruzione gotica del 1368), affrescato dal monaco-pittore fra Marino Angeli da S.Vittoria nella seconda metà del secolo XIV ed i cui lavori di restauro sono in fase di ultimazione. L'Urna di Santa Vittoria, alcune tele ed oggetti d'arte lasciati dai farfensi, sono visibili nella collegiata di S. Vittoria.