Il priorato di San Marco alle Paludi fu fondato verso la fine dell'XI secolo, in un'area dove molto probabilmente preesisteva un antico oratorio cristiano. Di fondamentale importanza fu l'opera di bonifica dei monaci grazie alle quale fu restituita vita alla circostante zona paludosa della piana del Tenna. Annesso all'antico monastero era un lazzaretto per i lebbrosi dove i monaci raccoglievano i numerosi reduci dalle crociate: esso venne poi convertito in ospedale per la cura degli infermi dei paesi limitrofi. Con una bolla, datata 5 luglio 1256, il pontefice Alessandro IV poneva il monastero sotto la speciale protezione papale. Nel secolo XV iniziò il periodo di decadenza, dovuto all'esiguità numerica dei monaci, alla chiusura del lazzaretto-ospedale e alle continue incursioni piratesche. Il 27 dicembre 1463 i monaci abbandonarono il monastero per rifugiarsi in quello di Santa Caterina a Fermo, assumendone tutti i beni e i privilegi: in quell'occasione Pio II conferì al suo superiore il titolo di abate e il titolo di abbazia fu esteso anche all'abbandonato monastero di San Marco, che versò in condizioni rovinose e venne riedificato all'inizio del XX secolo. Dell'antico edificio restanno solo quattro archi del XIII secolo e qualche frammento in pietra inglobato nelle pareti esterne della chiesa e del campanile.