Fondata intorno al 1150 dai Conti di Sassoferrato (da cui l'origine del nome), espanse rapidamente la sua influenza giungendo ad avere alle sue dipendenze ben 44 chiese in diverse diocesi, fra cui quelle di Camerino e di Nocera. Fu importante centro di spiritualità ed ebbe tra i suoi monaci il Beato Alberto ed il Beato Gherardo, vissuti tra il XIII ed il XIV secolo. Il suo abate nel 1327 fu eletto governatore di Sassoferrato. La decadenza ebbe inizio nel XV secolo, quando venne data in commenda. Nel 1612 ne presero possesso i monaci Camaldolesi. Il monastero restò vivo, con qualche interruzione, fino al 1935. La struttura architettonica presenta analogie con quelle della vicina S. Vittore alle Chiuse e di S. Maria delle Moie. Interessanti alcuni capitelli dell' XI secolo e le colonne addossate ai pilastri di sostegno, provenienti dalla romana Sentinum: nell'abside di sinistra sono presenti affreschi del XIV secolo rappresentanti scene della vita di San Tommaso, mentre nell'altare principale é possibile ammirare un polittico di Giovanni Antonio da Pesaro, da poco restaurato.