La chiesa di San Biagio sorse a Fabriano come dipendenza dell'abbazia di San Vittore alle Chiuse. Si parla di essa in numerosi documenti a partire dal XIII secolo: nel 1287 fu ricostruita dopo il crollo provocato da un terremoto e solo nel 1421 acquistava dignità e ruolo abbaziale. La sua posizione all'interno del centro abitato di Fabriano protetto da mura fu determinante per lo sviluppo e l'espansione dei propri possedimenti: nel 1427 papa Martino V aggregava all'abbazia di San Biagio la rinomata abbazia di San Romualdo in Valdicastro e di lì a poco anche l'abbazia di Sant'Urbano venne unita ad essa. Divenuta ormai punto di riferimento nell'organizzazione del territorio circostante, il suo prestigio raggiunse l'apice quando nel 1481 accolse le spoglie di San Romualdo provenienti dalla abbazia di Valdicastro, ormai in declino anche per la sua posizione troppo isolata. Agli inizi del XVI secolo si avviarono i lavori di ampliamento del monastero che terminarono nel 1576 e grazie ai quali possiamo oggi ammirare il bellissimo chiostro. Anche la chiesa fu ristrutturata, ma nel 1781 un violento terremoto ne causò il diroccamento rendendo necessari nuovi lavori di ripristino, eseguiti dal monaco-architetto camaldolese Giuseppe Antonio Sorattini, il quale reinterpretò le superstiti architetture cinquecentesche in stile rococò. Nella cripta è presente il sarcofago di San Romualdo, realizzato nel 1481 da Taddeo da Como.